Η χρήση των αντισωμάτων για την διάκριση των πρωτεϊνών στους ιστούς παραφίνης γίνεται, συχνά στα παθολογοανατομικά εργαστήρια για τον χαρακτηρισμό των όγκων, αλλά και σε άλλες περιπτώσεις.
Για παράδειγμα, αντισώματα για πρωτεϊνες χρησιμοποιούνται για να προσδιορίσουν την προέλευση φτωχά διαφοροποιημένων καρκίνων.
Ο ανοσοφαινότυπος, επίσης, χρησιμοποιείται, ως εξέταση ρουτίνας, για την αναγνώριση καρκινικών δεικτών των νευροενδοκρινών όγκων, όπως η NSE (νευρονική ειδική ενόλαση) και η συναπτοφυσίνη.
Η ανάλυση της έκφρασης των υποδοχέων των στερεοειδών ορμονών στον καρκίνο του μαστού, που παλιά γινόταν με ραδιενεργό προσδιορισμό, τώρα γίνεται με ανοσοϊστοχημικό προσδιορισμό των οιστρογονικών και προγεστερινικών υποδοχέων στους ιστούς τους βιοπτικούς.
Η ανοσοϊστοχημική διάκριση χρησιμοποιείται, ακόμη, για την αναγνώριση συγκεκριμένων μεταλλάξεων που προκαλούν καρκίνο, ειδικά σε περιπτώσεις τις οποίες η φυσιολογική πρωτεϊνη είναι παρούσα σε πολύ μικρά επίπεδα ή είναι δύσκολο να εντοπιστεί και η μεταλλαγμένη πρωτεϊνη είναι άφθονη. Το πιο απλό παράδειγμα αυτής της διαδικασίας είναι ο ανοσοϊστοχημικός προσδιορισμός της p53 πρωτεϊνης για τυχόν μεταλλάξεις. Άλλο συχνό παράδειγμα είναι η χρώση HER2 πρωτείνης για έκφραση του HER2. Kαι στις δύο περιπτώσεις τα αποτελέσματα της ανοσοϊστοχημικής ανάλυσης είναι πολύτιμα, αλλά, δυστυχώς, η εξέταση δεν αντικατοπτρίζει με ακρίβεια την κατάσταση των εμπλεκόμενων γονιδίων.
 
Η Western Blotting έχει επεκταθεί και στα μακρομόρια, όπως είναι οι πρωτεϊνες. Οι πρωτεϊνες διαχωρίζονται με ηλεκτροφόρηση ως προς το μέγεθος και μπορούν να μεταφερθούν σε μια μεμβράνη και να εκτεθούν σε ανιχνευτές, συνήθως, αντισώματα. Όταν τα κατάλληλα δείγματα περιλαμβάνονται πάνω στην μεμβράνη η Western Blotting μπορεί να διακρίνει αλλαγές στο μέγεθος που προκύπτουν από περικοπή ή μεταμεταφραστική τροποποίηση, όπως φωσφωριλίωση και επίσης, διαφορές στα επίπεδα έκφρασης.