Οι κατευθυντήριες οδηγίες για τα Κυτταρολογικά Εργαστήρια περιλαμβάνουν πρωτόκολλα για οργάνωση και προσωπικό, απαιτούμενες προδιαγραφές για το χειρισμό και ανάλυση των τραχηλικών δειγμάτων, καταγραφής των αποτελεσμάτων, ποιότητα στη διαχείριση και επικοινωνία. Η ποιότητα στη διαχείριση είναι περιεκτική και περιλαμβάνει πρωτόκολλα διασφάλισης εσωτερικού και εξωτερικού ελέγχου της ποιότητας. Όλα αυτά, σε συνδυασμό με τις κατευθυντήριες οδηγίες για τη σωστή λήψη και ενιαία ονοματολογία, αποσκοπούν στην καλύτερη φροντίδα των ασθενών, διασφάλιση ποιότητας του εργαστηρίου και αποτελεσματικότητα ως προς το κόστος.

Προσωπικό και οργάνωση

Το Κυτταρολογικό Εργαστήριο θα πρέπει να διενεργεί αρκετό αριθμό εξετάσεων ώστε να μπορεί να διατηρεί επαρκή εμπειρία.
Το Κυτταρολογικό Εργαστήριο διευθύνεται από ιατρό Κυτταρολόγο με επαρκή εμπειρία.
Ο ιατρός Κυτταρολόγος είναι υπεύθυνος για:

- την τελική αξιολόγηση / διάγνωση των τραχηλικών επιχρισμάτων
- την ενημέρωση των Γυναικολόγων για περαιτέρω παρακολούθηση ή θεραπεία
- την ενημέρωση των λαμβανόντων τα επιχρίσματα με περιοδικές αναφορές στην ποιότητα λήψης των τραχηλικών δειγμάτων
- την ανασκόπηση (review) και ενδοεργαστηριακή συζήτηση των περιπτώσεων που εμφανίζουν σοβαρή ασυμφωνία μεταξύ κυτταρολογικής και ιστολογικής παρακολούθησης
- την συμμετοχή σε Προγράμματα Διασφάλισης Ποιότητας με ετήσια αναφορά των αποτελεσμάτων των κυτταρολογικών και ιστολογικών (follow-up) εξετάσεων
- έχει τη νομική ευθύνη της υπογραφής του

Το απαιτούμενο Διοικητικό Προσωπικό του Κυτταρολογικού εργαστηρίου πρέπει να είναι εξοικειωμένο με την ιατρική ορολογία και να κατέχει άριστο χειρισμό Ηλεκτρονικών Υπολογιστών και καταγραφικών συστημάτων· καθώς επίσης να σέβεται το απόρρητο του ασθενούς.

Απαιτούμενες προδιαγραφές χώρου

- Ο χώρος του Κυτταρολογικού εργαστηρίου πρέπει να αερίζεται καλά, να είναι ήσυχος και ευρύχωρος με άνετα καθίσματα στήριξης της σπονδυλικής στήλης για τη μικροσκόπηση
- Ο χώρος μικροσκόπησης να είναι χωριστός από τον χώρο τεχνικής προετοιμασίας των δειγμάτων και από τον χώρο της γραμματείας
- Ο χώρος προετοιμασίας των δειγμάτων θα πρέπει να έχει αποτελεσματικό σύστημα εξαερισμού και βιολογικούς απορροφητήρες (hoods). Ειδικό χώρο επίσης για αποθήκευση εύφλεκτων υλικών

Απαιτούμενες προδιαγραφές εργαστηριακού εξοπλισμού

- Αυτοματοποιημένη ή χειροκίνητη χρώση των πλακιδίων. Συστήνεται η χρώση κατά Παπανικολάου (αυθεντική ή τροποποιημένη)
- Υψηλής ποιότητας διοφθάλμιο μικροσκόπιο με τακτική επισκευή

Για συμβατική Κυτταρολογία: 4 Χ, 10 Χ και 40 Χ αντικειμενικοί φακοί
Για Κυτταρολογία Υγρής Φάσεως: επιπλέον 20 Χ απαραίτητος

Χειρισμός και ανάλυση των τραχηλικών δειγμάτων (τεστ Παπανικολάου)

Εργαστηριακή προετοιμασία
- Όλα τα υλικά (slides ή φιαλίδια) θα πρέπει να ακολουθούνται από μια φόρμα με τα στοιχεία της ασθενούς και τις κλινικές πληροφορίες και αναγραφή του ονόματος του αποστέλλοντος το τραχηλικό δείγμα για περίπτωση επικοινωνίας
- εξακρίβωση στοιχείων του δείγματος με τη φόρμα αποστολής και αναγραφή ενός μοναδικού κωδικού του εργαστηρίου
- Τα υλικά Υγρής Φάσεως θα πρέπει να προετοιμάζονται σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή
- Η χρώση των πλακιδίων κατά Παπανικολάου θα πρέπει να ακολουθεί ένα σταθερό πρωτόκολλο
- Η καλυπτρίδα θα πρέπει να καλύπτει όλο το κυτταρικό υλικό (συνήθως 50 Χ24 mm) και ο κωδικός του εργαστηρίου θα πρέπει να ελέγχεται πριν από την μικροσκόπηση
Μικροσκόπηση των πλακιδίων
- Ο ιατρός Κυτταρολόγος πρέπει κατά την έκδοση του κυτταρολογικού αποτελέσματος να συσχετίζει τα κλινικά με τα μικροσκοπικά ευρήματα και να ακολουθεί ένα εθνικά παραδεκτό σύστημα ταξινόμησης των κυτταρολογικών αποτελεσμάτων: σύστημα Bethesda 2001.
- Σε ειδικές περιπτώσεις ή για λόγους ελέγχου της ποιότητας τα τραχηλικά επιχρίσματα επαναμικροσκοπούνται από δεύτερο ιατρό Κυτταρολόγο
- Ανάλογα με τη μέθοδο προετοιμασίας των τραχηλικών δειγμάτων (συμβατική ή Υγρής Φάσης) υπάρχει διαφοροποίηση ως προς τον επιτρεπόμενο αριθμό και ώρες μικροσκόπησης εντός της Ευρώπης.
Προτείνεται η μικροσκόπηση να μην υπερβαίνει τις 2 ώρες χωρίς διάλειμμα.
Αρχειοθέτηση
- Όλα τα πλακίδια θα πρέπει να καταχωρούνται το λιγότερο για 10 έτη σε ειδικές αρχειοθήκες
- Όλα τα αποτελέσματα των τεστ Παπανικολάου (χειρόγραφα ή ηλεκτρονικά) θα πρέπει να καταχωρούνται το λιγότερο για 10 έτη

Καταγραφή των αποτελεσμάτων

 
 
- Είναι προτιμότερο να γίνεται ηλεκτρονικά ακολουθώντας ένα εθνικό παραδεκτό σύστημα ταξινόμησης: σύστημα Bethesda 2001, ώστε να υπάρχει η αναγκαία σύνδεση με προηγούμενα αποτελέσματα, ιστολογική εξέταση ή κλινική έκβαση (follow-up) καθώς επίσης και παροχή πληροφοριών δεικτών αξιολόγησης του προγράμματος προσυμπτωματικού ελέγχου
- Τα αποτελέσματα θα πρέπει να παραδίδονται εντός 10 εργασίμων ημερών από την άφιξή των δειγμάτων στο εργαστήριο

Διαχείριση της ποιότητας στα Κυτταρολογικά Εργαστήρια

Εσωτερικός έλεγχος της ποιότητας
- Ειδικά εκπαιδευμένο προσωπικό: Σύμβουλος ελέγχου της ποιότητας ως επιβλέπων
- Υπάρχουν τρεις μεθοδολογίες εσωτερικού ελέγχου της ποιότητας:

Μέθοδοι βασιζόμενοι στην επαναμικροσκόπηση των πλακιδίων (rescreening)

- ταχεία επαναμικροσκόπηση των επιχρισμάτων που αναφέρθηκαν αρχικά ως αρνητικά ή ανεπαρκή
- ταχεία προμικροσκόπηση όλων των επιχρισμάτων
- επαναμικροσκόπηση τυχαίου δείγματος του 10% των επιχρισμάτων που έχουν αναφερθεί ως αρνητικά ή μη ικανοποιητικά
- στοχευμένη επαναμικροσκόπηση επιχρισμάτων ειδικής κατηγορίας ασθενών
- επαναμικροσκόπηση μη φυσιολογικών κυτταρολογικών αποτελεσμάτων
- αναδρομική στοχευμένη επαναμικροσκόπηση αρνητικών κυτταρολογικών αποτελεσμάτων από ασθενείς με πρόσφατη υψηλού βαθμού πλακώδη ενδοεπιθηλιακή αλλοίωση (HSIL)
- αυτοματοποιημένη υποβοηθούμενη επαναμικροσκόπηση των επιχρισμάτων που αρχικά αναφέρθηκαν ως αρνητικά κυτταρολογικά αποτελέσματα

Μέθοδοι βασιζόμενοι είτε στην καταγραφή των αποτελεσμάτων των κυτταρολογικών διαγνώσεων σε σχέση με τα ισχύοντα αποδεκτά τοπικά ή εθνικά ποσοστά είτε στην παρακολούθηση της καταγραφής των παθολογοανατομικών διαγνώσεων που ακολουθούν την πρόοδο του προγράμματος μαζικού ελέγχου (screening detection and reporting rates).
Μέθοδοι βασιζόμενοι στη συσχέτιση της Κυτταρολογίας με την κλινική έκβαση / ιστολογικό αποτέλεσμα:

Τα εργαστήρια θα πρέπει να καθιερώσουν ένα μηχανισμό για να εξασφαλίζουν την παρακολούθηση των ασθενών με κυτταρολογική εξέταση που υποδηλώνει υψηλού βαθμού ενδοεπιθηλιακές αλλοιώσεις και διηθητικό καρκίνωμα. Η θετική προγνωστική αξία για υψηλού βαθμού ενδοεπιθηλιακές αλλοιώσεις είναι μέτρο της διαγνωστικής ακρίβειας του Κυτταρολογικού Εργαστηρίου.
Εάν HPV testing χρησιμοποιηθεί στη διαλογή ασθενών με διάγνωση ASC-US, η HPV θετικότητα θα πρέπει να είναι τουλάχιστον 30%.
Παρακολούθηση εμφάνισης καρκίνου στα μεσοδιαστήματα του μαζικού προληπτικού ελέγχου (Audit of intervalcancers)
Ένα σημαντικό τμήμα του εσωτερικού ποιοτικού ελέγχου αποτελεί η επαναμικροσκόπηση των επιχρισμάτων σε ασθενείς με αρνητικό ή LSIL αποτέλεσμα σε χρονικό διάστημα μικρότερο από 3-5 χρόνια πριν τη διάγνωση του διηθητικού καρκίνου, αλλά θα πρέπει να λαμβάνονται υπόψη όλα τα χαρακτηριστικά του ιστορικού του screening, όπως σφάλματα κατά την αξιολόγηση των επιχρισμάτων, σφάλματα κατά τη λήψη, μη συμμόρφωση με τις συστάσεις παρακολούθησης, ατελή θεραπεία και εάν ή όχι ο καρκίνος ήταν ανιχνεύσιμος μέσω του screening. Είναι απαραίτητη η σύνδεση μεταξύ του Κυτταρολογικού Εργαστηρίου και Αρχείου Νεοπλασίας (Cancer Registry).
Επίσης η επαναμικροσκόπηση των προηγούμενων πλακιδίων σε γυναίκες με διηθητικό καρκίνο θα πρέπει να γίνεται το ταχύτερο δυνατόν από έναν, δύο ή και τρεις Κυτταρολόγους. Οι διαγνώσεις επαναμικροσκόπησης (Review) θα πρέπει να διαχωρίσουν τα ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα από αυτά που χαρακτηρίζονται ως αυξημένου κινδύνου για ψευδώς αρνητικά, όπως π.χ. με λίγα, μικρά ή μη υπερχρωματικά ανώμαλα κύτταρα.
Εξωτερικός έλεγχος της ποιότητας
Αν και όχι υποχρεωτικός σύμφωνα με τους περισσότερους κανόνες αποτελεί ένα σημαντικό στοιχείο που αυξάνει το επίπεδο για τη διασφάλιση της ποιότητας του Κυτταρολογικού Εργαστηρίου.
Αυτό μπορεί να περιλαμβάνει:
- Συμμετοχή σε Workshops και Συμπόσια με χορήγηση μορίων συνεχιζόμενης Ιατρικής Εκπαίδευσης
- Ανταλλαγή πλακιδίων μεταξύ των Κυτταρολογικών Εργαστηρίων ή από πιστοποιημένους φορείς σε τακτικά χρονικά διαστήματα με υποβολή δοκιμασίας ελέγχου σε ποικίλλες περιπτώσεις είτε υπό μορφή πλακιδίων είτε ηλεκτρονικών εικόνων.
 
Πιστοποίηση του Κυτταρολογικού Εργαστηρίου
- Η πιστοποίηση του Κυτταρολογικού Εργαστηρίου είναι ακόμη εθελοντική στα περισσότερα κράτη μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
- Στην Ελλάδα σύμφωνα με την τελευταία νομοθεσία είναι υποχρεωτική κάτω από συγκεκριμένο πρότυπο 
- Άλλες χώρες της ΕΕ έχουν αναπτύξει ή αναπτύσσουν εθνικά ή τοπικά προγράμματα διαπίστευσης για Κυτταρολογικά Εργαστήρια.