Αν και διαδεδομένη πρακτική στην περίπτωση άλλων ιών, ένα τεστ αντισωμάτων κατά του ιού HPV σπανίως ζητείται από τον θεράποντα ιατρό. Υπάρχουν 7 λόγοι για τους οποίους θεωρείται ότι έχει περιορισμένη διαγνωστική αξία.
 
Οι δύο πιο συχνά χρησιμοποιούμενες μεθοδολογίες για τη διάγνωση της παρουσίας του ιού HPV βασίζονται στην ανίχνευση της παρουσίας του DNA του. Πρόκειται για το HPV DNA test και την τυποποίηση του HPV με χρήση προηγμένων τεχνικών μοριακής βιολογίας. Παρότι διαδεδομένη πρακτική στην περίπτωση άλλων ιών, ένα τεστ αντισωμάτων κατά του ιού HPV σπανίως ζητείται από τον θεράποντα ιατρό.
Η χρησιμότητα στην κλινική πράξη των αντισωμάτων κατά του HPV αποτέλεσε αντικείμενο έρευνας επί πολλά χρόνια, ειδικότερα τα χρόνια πριν την είσοδο στην αγορά του πρώτου εμβολίου κατά του ιού, το 2006. Πλέον θεωρείται ότι η ανίχνευση αντισωμάτων κατά του HPV στον ορό του αίματος έχει περιορισμένη διαγνωστική αξία1,2. Οι λόγοι για αυτό είναι οι εξής:

Μόνο το 50-60% των γυναικών που βρίσκονται θετικές για HPV DNA αναπτύσσουν αντισώματα κατά του ιού. Συχνά το ποσοστό είναι μάλιστα μικρότερο στις διάφορες έρευνες1,3,4,5. Δεν αποκλείεται όμως τα αντισώματα να βρίσκονται σε χαμηλά6 και μη ανιχνεύσιμα επίπεδα με τις υπάρχουσες τεχνικές3,7. Είναι άλλωστε εντυπωσιακό ότι με τον εμβολιασμό φαίνεται να επιτυγχάνονται αντισώματα κατά του ιού σε 40 φορές υψηλότερα επίπεδα από ότι συνήθως συμβαίνει κατά τη φυσική μόλυνση8.
Τα αντισώματα εμφανίζονται με χρονική καθυστέρηση έως και 18 μηνών μετά την ανίχνευση του DNA του ιού2,3. Στις περιπτώσεις παροδικών μολύνσεων, οι οποίες δεν επιμένουν στον χρόνο, δεν παράγονται καθόλου αντισώματα3. Ίσως αυτός ο επιπλέον χρόνος που απαιτείται για την παραγωγή αντισωμάτων να εξηγείται από έρευνες που υποστηρίζουν ότι τα αντισώματα ακολουθούν μετά από μια άλλη μορφή απάντησης του ανοσοποιητικού μας συστήματος στον ιό, την κυτταρομεσολαβητική ανοσία*. Η κυτταρομεσολαβητική ανοσία θεωρείται ότι έχει κυριότερο ρόλο στην αντιμετώπιση του HPV σε σχέση με τα αντισώματα6,9.
Ο HPV μολύνει τον οργανισμό στα κερατινοκύτταρα. Τα κερατινοκύτταρα είναι κύτταρα του δέρματος που βρίσκονται μακριά από τα κέντρα ανοσολογικής επιτήρησης του οργανισμού. Επιπλέον έχουν μικρό χρόνο ζωής. Επομένως πεθαίνουν πριν ο ιός χρειαστεί να τα καταστρέψει αφυπνίζοντας τους αμυντικούς μηχανισμούς του οργανισμού και άρα την παραγωγή αντισωμάτων6,9.
Τα αντισώματα είναι ιδιαιτέρως σταθερά. Εξακολουθούν να βρίσκονται, δηλαδή, στον ορό του αίματος, για πολλά ─ τουλάχιστον 10 ─ χρόνια μετά την αρχική τους ανίχνευση2,10,11. Πρακτικά, αυτό σημαίνει ότι η ανίχνευση των αντισωμάτων δεν δείχνει απαραίτητα πρόσφατη έκθεση στον ιό. Δείχνει όμως ότι έχεις κάποτε μολυνθεί. Ενδεικτικό αυτού είναι και ότι η ανίχνευσή τους στο αίμα συσχετίζεται με το συνολικό αριθμό ερωτικών συντρόφων κατά τη διάρκεια της ζωής κάποιου, δηλαδή περισσότεροι σύντροφοι σημαίνουν περισσότερες πιθανότητες να ανιχνευθούν αντισώματα. Αντίθετα, το θετικό HPV DNA test, που χρησιμοποιείται στη διάγνωση, συσχετίζεται με τον αριθμό των πρόσφατων ερωτικών συντρόφων10 από τους οποίους μπορεί να προέλθει μια νέα μόλυνση.
Η κλινική αξία των αντισωμάτων για την πρόγνωση του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας είναι επίσης μικρή1,12. Κατά τη διάγνωσή του, παρατηρούνται αντισώματα έως και στο 50% των γυναικών. Μετρήσεις για πιθανά αντισώματα σε γυναίκες που ανέπτυξαν καρκίνο από 1 έως 20 χρόνια αργότερα, έδειξαν ότι αυτά δεν αποτελούν αξιόπιστη ένδειξη για μελλοντικό καρκίνο12. Ο κίνδυνος για ανάπτυξη νεοπλασίας είναι επίσης πολύ μικρότερος σε γυναίκες στις οποίες ανιχνεύονται αντισώματα στον ορό του αίματος σε σύγκριση με εκείνες στις οποίες έχει ανιχνευθεί το DNA του ιού2.
Η μαζική πλέον χορήγηση εμβολίου στον πληθυσμό κατά στελεχών του HPV, ως μέρος των προγραμμάτων εμβολιασμού σε πολλές χώρες, θα έχει ως αποτέλεσμα την παραγωγή μεγάλου αριθμού αντισωμάτων. Τα αντισώματα αυτά, που είναι σταθερά για μεγάλα χρονικά διαστήματα όπως αναφέρθηκε παραπάνω, θα υπάρχουν ανεξαρτήτως του αν το άτομο έχει ποτέ μολυνθεί με τον ιό7.

* Η ανοσοαπόκριση, η απάντηση δηλαδή του αμυντικού μας συστήματος σε παθογόνους μικροοργανισμούς, μπορεί να διακριθεί σε χυμική και κυτταρομεσολαβητική. Η χυμική ανοσοαπόκριση ή αλλιώς ανοσία αναφέρεται στα Β-λεμφοκύτταρα, τα οποία πολλαπλασιάζονται και διαφοροποιούνται παρουσία αντιγόνου (δηλαδή ενός παθογόνου) και παράγουν χημικά μόρια, τα αντισώματα, τα οποία εξουδετερώνουν το αντιγόνο. Συνήθως είναι επιφορτισμένη με την προστασία από απειλές που βρίσκονται εξωτερικά του κυττάρου. Η κυτταρομεσολαβητική ανοσία αναφέρεται στη δημιουργία διαφόρων κυττάρων, όπως είναι για παράδειγμα οι διάφορες μορφές Τ-κυττάρων, που καταπολεμούν τον μικροοργανισμό δρώντας τα ίδια εναντίον του. Κάποια από αυτά τα κύτταρα είναι ειδικά για το εκάστοτε αντιγόνο που καταπολεμούν και κάποια όχι. Συνήθως η κυτταρομεσολαβητική ανοσία είναι επιφορτισμένη με την καταστροφή βακτηρίων και ιών εντός των κυττάρων. Παρόλα αυτά υπάρχει διασύνδεση και συνεργασία μεταξύ των δύο μορφών ανοσίας.