Η σύνθεση του κολπικού μικροβιώματος ποικίλλει για κάθε γυναίκα και μπορεί να επηρεαστεί από τη διατροφή, τα φάρμακα, το στρες, τις ασθένειες και τις πρακτικές υγιεινής και εξαρτάται επίσης από τη φάση του εμμηνορροϊκού κύκλου.

Ένα διαταραγμένο κολπικό μικροβίωμα συνιστάται από μειωμένο πληθυσμό των κυρίαρχων υπό φυσιολογικές συνθήκες γαλακτοβάκιλλων και από υπεραναπτυγμένους πληθυσμούς παθογόνων μικροοργανισμών. Κάποιες περιπτώσεις ανισορροπίας του κολπικού μικροβιώματος ενδέχεται να είναι ασυμπτωματικές και κάποιες άλλες μπορεί να συνοδεύονται από ασυνήθιστη κολπική έκκριση με δυσάρεστη οσμή ή παχύρρευστη υφή και λευκό/υποκίτρινο χρώμα και μερικές φορές από πόνο ή κνησμό.

Χαμηλότερη ποικιλομορφία στο κολπικό μικροβίωμα συνιστά ένα υγιέστερο και ισορροπημένο περιβάλλον στον γυναικείο κόλπο.

Μείωση του πληθυσμού των ωφέλιμων γαλακτοβάκιλλων μπορεί να επιτρέψει την αύξηση των πληθυσμών δυνητικά επιβλαβών μικροοργανισμών και να οδηγήσει σε βακτηριακή κολπίτιδα, καντιντίαση ή ακόμα και υποτροπιάζουσα λοίμωξη του ουροποιητικού.

Δυνητικά παθογόνοι μικροοργανισμοί μπορούν να καταλήξουν από το έντερο στον κόλπο και να προκαλέσουν μικροβιωματική ανισορροπία και κολπική δυσβίωση. Αυτό υποδηλώνει πως η φροντίδα του εντερικού μικροβιώματος μπορεί να δράσει υποστηρικτικά και προστατευτικά για την υγεία του κόλπου.