Όταν διαπιστωθεί κάποια ανωμαλία στο μαστό από τη φυσική εξέταση ή τον απεικονιστικό έλεγχο, είναι απαραίτητο να τεθεί η διάγνωση.
Ο χρυσός κανόνας συνεχίζει να είναι η ιστοπαθολογική εξέταση ενός δείγματος από μια βιοψία. Ανάλογα με το αν η ανωμαλία στο μαστό είναι ψηλαφητή ή σχηματίζει μια μάζα και το πόσο βαθιά είναι, θα καθορίσουν την καλύτερη μέθοδο που θα ακολουθηθεί για να τεθεί μια ασφαλής και σίγουρη διάγνωση.
Οι μέθοδοι διάγνωσης του καρκίνου του μαστού που χρησιμοποιούνται σήμερα:
Ποια είναι η καλύτερη μέθοδος διάγνωσης του καρκίνου του μαστού;

FNA μαστού (Fine-Needle Aspiration)

Η FNA μαστού θεωρείται μια εξαιρετική διαγνωστική μέθοδος για τις κλινικά ψηλαφητές βλάβες, φυσικά, όμως θα πρέπει να γίνεται από έναν καλά εκπαιδευμένο και έμπειρο κυτταρολόγο. Το ποσοστό των ψευδώς θετικών αποτελεσμάτων είναι 0-0,4% Τα ποσοστά των ψευδώς αρνητικών αποτελεσμάτων είναι 0-4%. Ακόμη και αν η κυτταρολογική εξέταση είναι αρνητική, αν υπάρχει μια ύποπτη ψηλαφητή βλάβη, η οποία απεικονιστικά θεωρείται κακοήθης, η FNA δεν θέτει τη διάγνωση και απαιτούνται επιπρόσθετες διαγνωστικές μέθοδοι. Για μάζες που είναι μικρές και δεν ψηλαφώνται εύκολα η βιοψία με τη βοήθεια υπερήχων χρησιμοποιείται με ίδια ποσοστά ψευδώς θετικών και αρνητικών ποσοστών με την FNA χωρίς υπερήχους.
Οι διογκωμένοι λεμφαδένες, είτε είναι ψηλαφητοί είτε φαίνονται με τις απεικονιστικές μεθόδους μπορεί να ελεγχθούν θεωρητικά με FNA ή core-needle βιοψία. Η FNA δίνει αρκετό υλικό για κυτταρολογική εξέταση, αλλά δεν μπορεί εύκολα να κάνει διαφοροδιάγνωση ανάμεσα στις καλοήθεις και κακοήθεις βλάβες. Αν τώρα ο κυτταρολόγος καταφέρει να αναγνωρίσει τα κακοήθη κύτταρα από την πρωτοπαθή βλάβη στον μαστό ή σε έναν λεμφαδένα, τότε η ασθενής είναι τυχερή, αφού θα αναγνωρισθεί η διηθητική ή μεταστατική φύση της βλάβης. Κάποιοι θεωρούν ότι γίνεται εμφύτευση καρκινικών κυττάρων με την FNA.

FNB (Fine-Needle Biopsy) μαστού

H FNA γίνεται σε πολλά κέντρα, αλλά η βιοψία με βελόνα FNB προτιμάται. Η βιοψία με βελόνα (core-needle βιοψία) δίνει πληροφορίες για τα ιστοπαθολογικά χαρακτηριστικά, την αρχιτεκτονική του ιστού, τον βαθμό διαφοροποίησης, και την αγγειακή και λεμφική διήθηση. Τα ψευδώς θετικά ποσοστά στη διάγνωση με αυτήν την μέθοδο είναι σπάνια και συμβαίνουν σε σκληρυντικές πορογενείς  πολλαπλασιαστικές βλάβες (ακτινικές ουλές) ή άλλες ειδικές καταστάσεις ή λόγω κακής τεχνικής κατά την FNB. Κάποιοι θεωρούν ότι γίνεται εμφύτευση καρκινικών κυττάρων με την FNΒ και διασπορά του όγκου.

Needle-Localization Biopsy-Κατευθυνόμενη βιοψία με βελόνα

Η κατευθυνόμενη βιοψία με βελόνα και οι στερεοτακτικές βιοψίες είναι κατάλληλες μέθοδοι για βλάβες που δεν ψηλαφώνται αλλά φαίνονται απεικονιστικά και είναι ύποπτες (μικροαποτιτανώσεις, διαταραχή της αρχιτεκτονικής). Η επιτυχία και των δύο μεθόδων απαιτεί εκπαίδευση και εμπειρία του ακτινολόγου και του χειρουργού. Οι υποδερμικές βελόνες, τα συστήματα με συρμάτινα άγκιστρα και η έγχυση βαφών και σωματιδίων άνθρακα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διάγνωση. Η διαγνωστική αυτή εξέταση γίνεται με τοπική αναισθησία ή απλή μέθη. Γενική αναισθησία μπορεί να γίνει μόνο σε πολλαπλές και εν τω βάθει βλάβες και σε ανήσυχες γυναίκες. Αν ακολουθήσει χειρουργική εξαίρεση της βλάβης γίνεται απεικονιστικός έλεγχος για να επιβεβαιωθεί ότι έγινε αφαίρεση όλης της βλάβης. Αν δεν έχει γίνει πρέπει να γίνει επιπρόσθετο χειρουργείο. Ο ιστός αποστέλλεται στον παθολογοανατόμο για επιβεβαίωση της αφαίρεσης των μικροαποτιτανώσεων και για έλεγχο των χειρουργικών ορίων ότι είναι ελεύθερα από καρκινικά κύτταρα. Με τις βελόνες και τα σύρματα πολλοί θεωρούν ότι  μπορεί να γίνει εμφύτευση καρκινικών κυττάρων και διασπορά του όγκου.

Stereotactic Core Biopsies- Στερεοτακτικές βιοψίες

Οι στερεοτακτικές βιοψίες έχουν αντικαταστήσει την κατευθυνόμενη βιοψία με βελόνα, λόγω της ευκολίας και της ακρίβειας της εξέτασης. Γίνονται με τοπική αναισθησία και τα δείγματα στέλνονται για εξέταση, όπως και στην κατευθυνόμενη με βελόνα βιοψία. Πολλοί την προτιμούν, αλλά έχει τα ίδια μειονεκτήματα με την κατευθυνόμενη βιοψία με βελόνα και απαιτεί μεγάλη εκπαίδευση και εμπειρία.

Απλή βιοψία

Συνήθως, γίνεται όταν η κατευθυνόμενη μα βελόνα βιοψία ή η στερεοτακτική βιοψία δεν είναι επιτυχείς ή σε αμφιλεγόμενα αποτελέσματα. Πολλοί την κάνουν σε υποψία φλεγμονώδους καρκίνου του μαστού όταν υπάρχει πάχυνση του δέρματος για την επιβεβαίωση της δερματικής λεμφικής  διήθησης και για εξασφάλιση επαρκούς ιστού για την διάγνωση και την έρευνα. Η απλή βιοψία έχει πολύ μεγάλο κίνδυνο διασποράς του όγκου γιατί αυτός τέμνεται.

Χειρουργική βιοψία με αφαίρεση όλου του όγκου σε υγιή εγχειρητικά όρια

Η χειρουργική εξαίρεση της βλάβης με τοπική αναισθησία η οποία γίνεται προσεκτικά χωρίς να πέσουν καρκινικά κύτταρα στην κοίτη της βλάβης θεωρείται από πολλούς η καλύτερη και πιο ασφαλής μέθοδος και απαιτεί καλό και έμπειρο χειρουργό. Αυτή η μέθοδος, πραγματικά πρέπει να προτιμάται, γιατί αφαιρεί και θεραπεύει καλοήθεις βλάβες και μικρές κακοήθεις βλάβες. Αν απεικονιστικά υπάρχει μια πολύ ύποπτη βλάβη η οποία πρέπει, οπωσδήποτε να αφαιρεθεί, γιατί να επιβαρύνεται οικονομικά η ασθενής και το ταμείο της ή η ασφαλιστική της εταιρεία και σωματικά και ψυχικά η ασθενής με όλες τις ενδιάμεσες μεθόδους διάγνωσης. Άλλωστε υπάρχουν τόσες πολλές σύγχρονες αναίμακτες και μη επεμβατικές μέθοδοι ασφαλούς διάγνωσης του καρκίνου του μαστού. 
Μετά τη χειρουργική βιοψία με αφαίρεση όλου του όγκου σε υγιή εγχειρητικά όρια απαιτείται σε περίπτωση κακοήθειας να σταλεί και εξέταση του ιστού για μοριακό προφίλ του όγκου, ώστε να γίνει εξατομικευμένη θεραπεία και να προσδιοριστούν οι προγνωστικοί παράγοντες.